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La resonancia magnética utiliza el electromagnetismo para obtener una imagen diagnóstica. Esta exploración se sirve de un potente imán que altera la posición de las moléculas de agua en el organismo. Unos detectores recogen las variaciones que en la posición de estas se producen en el interior del cuerpo humano y generan una imagen. Se trata de una exploración inocua y segura (no emplea radiación ionizante) y por eso es posible estudiar el feto con esta técnica. "La resonancia magnética fetal es muy útil para el estudio de la patología cerebral. También es eficaz en los estudios de enfermedades torácicas, gastrointestinales y genitourinarias.

Aunque la ecografía es el método de estudio rutinario del feto, en ocasiones es necesario obtener imágenes de mayor calidad para la detección de alteraciones sutiles o complejas, para la preparación de cirugías fetales o para manejos especiales posnatales tras el parto. La resonancia magnética ayuda a obtener imágenes excelentes con un campo de visión mayor o en el que se aprecien mejor las diferencias entre tejidos. En estas ocasiones la resonancia magnética fetal es la mejor opción. Las imágenes obtenidas son muy útiles para valorar patologías cerebrales durante el embarazo, para alteraciones detectadas por ecografía en las que se tiene que comprobar su grado de afectación, para casos de obesidad materna, posición inadecuada del feto o escasa cantidad de líquido amniótico y para los fetos que presentan un riesgo elevado de anomalías cerebrales, como infecciones fetales o daño isquémico.

La resonancia magnética fetal es muy práctica para el estudio intraútero del desarrollo cerebral debido a que, gracias a las frecuencias rápidas, hace biometría cerebral y análisis de desarrollo de los giros corticales, la mielinización y la migración neuronal. Es superior a la ecografía en el estudio de la sustancia blanca del cerebro y, gracias a las secuencias de difusión, diagnostica lesiones isquémicas agudas fetales.

Entre las patologías que se estudian con frecuencia con la resonancia magnética están la hernia diafragmática congénita, la malformación adenomatoidea quística, el secuestro broncopulmonar y las malformaciones intestinales, genitourinarias, de columna y masas fetales.

Los actuales equipos poseen la capacidad para hacer los estudios rápidamente, lo que ayuda a obtener una imagen del feto adecuada, pese a que está en movimiento, sin necesidad de sedar a la madre. Se recomienda emplear esta técnica en pacientes con más de 20 semanas de gestación para que tengan un tamaño suficiente para que se obtengan imágenes diagnósticas.

El objetivo fundamental del diagnóstico prenatal es conseguir información genética, anatómica, bioquímica y fisiológica acerca del feto para detectar posibles anomalías y ofrecer a la familia todas las alternativas terapéuticas. La resonancia magnética fetal ayuda a obtener una imagen diagnóstica que sirva para, en algunas ocasiones, preparar una cirugía fetal, que puede hacerse a través de punciones o catéteres guiados por imagen en el caso, por ejemplo, de shunt vesicales o pleurales o dilatación de estenosis aórticas fetales. También por vía endoscópica, como en el caso del tratamiento de la hernia diafragmática congénita o en la coagulación de vasos con láser en los casos de síndrome de transfusión feto-fetal. A veces se ha de intervenir al feto con cirugía abierta, como en los casos de los teratomas sacrocoxígeos o los mielomeningoceles.