El origen de la endometriosis sigue siendo desconocido, aunque existen varias teorías al respecto, como la metaplasia celómica, la persistencia de restos müllerianos y la teoría de la menstruación retrógrada, siendo ésta la más aceptada en la actualidad. Esta teoría se basa en el fenómeno de la menstruación retrógrada, según el cual, durante la fase menstrual existen fragmentos de endometrio que "refluyen" al interior de la cavidad pélvica a través de las trompas. No obstante, este fenómeno aparece hasta un 90% de las mujeres, y no todas padecen la enfermedad. La diferencia está en las características inmunohistoquímicas de las células endometriales de las pacientes con endometriosis. Estas células tienen un aumento en la capacidad de proliferación, una menor tendencia a la muerte celular programada, mayor capacidad de adhesión, de creación de neovasos nutrientes, y en definitiva, una mayor capacidad de supervivencia que las células endometriales de mujeres sanas.